单细胞分析知识库

收集整理单细胞多组学分析方法、工具与研究报告，覆盖 scRNA-seq、scATAC-seq、Multiome、CRISPR screens、VDJ 等主流技术。

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知识地图

一、scRNA-seq 分析 (01-rnaseq/)

• 预处理：质控指标、双细胞去除、归一化、批次校正
• 降维与聚类：PCA/Harmony/ScVI、Leiden/Graph-based、分辨率选择、细胞注释
• 拟时序与 RNA Velocity：Monocle3/Slingshot/Palantir、scVelo/CellRank
• 多数据集整合：Harmony/Seurat v5/LIGER/ScVI
• 差异表达分析：FindMarkers、Pseudobulk+DESeq2、MAST、Wilcoxon 等 10 种检验方法

二、scATAC-seq 分析 (02-atac/)

• Peak Calling：MACS2/Genrich、细胞级 peak 矩阵构建
• Motif 分析：chromVAR/TFBS 预测、调控网络推断
• 与 RNA 整合：Signac/ArchR/MAESTRO、基因活性评分

三、Multiome (RNA + ATAC) 联合分析 (03-multiome/)

• 分析流程：WNN/Weighted Nearest Neighbors、多模态降维
• 常用工具：Signac、ArchR、MAESTRO、SnapATAC2、Cobolt

四、CRISPR Perturbation Screens (04-crispr/)

• Pool-seq 设计：sgRNA 设计原则、文库复杂度、对照设置
• MAGeCK 分析：MAGeCK-VISPR、MAGeCK-Flute、必需基因鉴定
• Perturb-seq：CROP-seq/ENCODE、单细胞表型读出、因果推断

五、VDJ (TCR/BCR) 受体库分析 (05-vdj/)

• VDJ Tools：VDJtools/ImmuneDB/Change-O、克隆型定义
• Clonotype 分析：克隆扩增、V/J 基因使用、SHM 分析、抗原特异性推断

六、通用工具横评 (06-tools/)

• Seurat (R)：v5 新特性、WNN、空间转录组支持
• Scanpy (Python)：AnnData 生态、scVI 集成、大规模数据
• Loupe Browser：可视化交互、无代码探索
• 云平台：Terra、DNAnexus、Seven Bridges、Partek Flow

七、重要论文与综述 (07-papers/)

• 综述合集：技术综述、方法比较、最佳实践
• 新方法论文：新算法、新工具、benchmark 研究

八、资源与教程 (08-resources/)

• 公开数据集：PBMC、Tabula Sapiens、Human Cell Atlas、10x 官方数据
• 教程合集：官方教程、社区教程、工作坊材料
• 课程与工作坊：Satija Lab、Theis Lab、Linnarsson Lab 等

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已收录笔记索引

分类	笔记	日期	标签
01-rnaseq	差异表达分析	2026-08-19	rnaseq, differential-expression, seurat, pseudobulk, deseq2, mast
01-rnaseq	质控与预处理	2026-08-19	rnaseq, preprocessing, qc, seurat, harmony
01-rnaseq	降维、聚类与细胞注释	2026-08-19	rnaseq, clustering, annotation, monocle3, celltypist
01-rnaseq	拟时序与 RNA Velocity	2026-08-19	rnaseq, trajectory, pseudotime, rna-velocity, scvelo, cellrank
01-rnaseq	多数据集整合	2026-08-19	rnaseq, integration, batch-correction, harmony, scvi
02-atac	Peak Calling	2026-08-19	atac, peak-calling, macs2, genrich
02-atac	Motif 分析	2026-08-19	atac, motif, chromvar, transcription-factor
02-atac	与 RNA 整合	2026-08-19	atac, rna, integration, signac, archr
03-multiome	分析流程	2026-08-19	multiome, rna, atac, wnn, signac
03-multiome	常用工具	2026-08-19	multiome, tools, signac, archr, maestro
04-crispr	Pool-seq 设计	2026-08-19	crispr, pool-seq, library-design
04-crispr	MAGeCK 分析	2026-08-19	crispr, mageck, screen-analysis
04-crispr	Perturb-seq	2026-08-19	crispr, perturbseq, single-cell
05-vdj	VDJ Tools	2026-08-19	vdj, tools, immunoseq
05-vdj	Clonotype 分析	2026-08-19	vdj, clonotype, immune-repertoire
06-tools	Seurat	2026-08-19	tools, r, seurat, single-cell
06-tools	Scanpy	2026-08-19	tools, python, scanpy, single-cell
06-tools	Loupe Browser	2026-08-19	tools, visualization, loupe, 10x
06-tools	云平台	2026-08-19	tools, cloud, terra, dnanexus, sevenbridges
07-papers	Virtual Biotech：Science 多智能体药物研发框架 8G 显卡复现 + GHIST 病理组学番外	2026-09-29	multiagent, drug-discovery, science, virtual-biotech, ghist, spatial-transcriptomics, tau
08-resources	(暂无)	—	—

新增笔记时，请同步更新此表。

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文件命名约定

• 笔记文件：小写英文连字符（如 preprocessing.md、scvi-integration.md）
• 剪藏/待整理文件：放 inbox/，命名 YYYY-MM-DD-关键词.md
• 每篇笔记顶部建议保留：

  # 标题
  tags: [rnaseq, preprocessing, seurat]
  > 来源：[文章/论文/文档名](链接) · 日期
  

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收录流程（参考 ai-news-kb）

新内容收录时，一次性完成：

1. 创建笔记文件 → 对应分类目录
2. 更新 _sidebar.md → 对应分类下添加链接
3. 更新 README.md → 同步知识地图简介 + 索引表
4. 验证 → 读取确认无误
5. Git push → cd ~/.openclaw/workspace/single-cell-kb && git add -A && git commit -m "add: 笔记标题" && git push

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使用方式

• 日常收集：发链接/文件/想法给我，我抓取整理归档
• 主题深挖：说"帮我整理一下 RNA velocity 的最新方法"，我搜索收集
• 工具对比：说"对比一下 Seurat v5 和 Scanpy 在大数据集上的表现"，我生成对比笔记
• 文献跟踪：重要期刊新刊、bioRxiv 预印本、会议墙报