Rho 的方法提案与论文稿作为一个独立项目维护。
论文需要的一手材料——读了哪些工作、读的是哪个版本、哪些判断已被既有研究覆盖、哪部分仍未验证——与实现仓库的日常推进不是同一套节奏和判据。因此这份工作单独成项目；Rho、Rho-core 和 Rho-plugins 继续拥有各自的实现事实。
| 文档 | 是什么 | 读者 |
|---|---|---|
| 论文稿 | 论文体裁成稿：摘要、相关工作、方法、场景走查、使主张不成立的判据、局限与参考文献 | 想了解主张本身及其边界的人 |
| 论证与取舍记录 | 定位记录：每条来源标注了核查位置与“不能据此声称什么”，并保留逐次修改的历史 | 维护这套论证的人 |
两者不互相替代。论文稿去掉工作笔记，供独立阅读；定位记录保留证据层次的区分，是论文中每句限定语的来源。
- 候选贡献：依据当前科学目的和实际接入的能力，从持续分析中选择或取得材料、组织它们的关系并组合可操作的视图；这份组织同时是人理解分析的界面和 Agent 继续工作的共享上下文。
- 参考文献全文目录：按论文编号收集本地阅读副本，并记录来源、版本及后续补充方法。
- 单细胞场景：判断差异在供者间是否一致、理解修正分析为何尚无新结果、为同一结果准备学术说明；以及本地可计算、远程排队、只有已有结果三种接入条件下的差别。
- 正面对照：InsightLens、WaitGPT、Mycelium、SEMV、DashChat、DynaVis、Data Formulator 2、生成式界面、Galaxy、JupyterLab，以及本文不认领的部分。
不含实验与用户观察。文中数据、运行与版本标识是说明机制的假设；远程单细胞接入是方法示例，不是已验收连接器清单。候选贡献的新颖性与人的收益都尚未被 Rho 已有检查证明。
英文预印本与此前的中文方法提案并行维护：它使用五个真实项目的部分分析说明界面，并将原始数据、所选对比、解释边界和未公开的运行记录明确区分。五个项目的运行材料尚未公开归档，案例尚需独立科学复核；没有开展用户研究。中文提案中的单细胞场景仍是构造示例，不应与这些真实项目混同。
预印本所需的图像随 LaTeX 源码保存；生成的 PDF 与压缩包不纳入版本控制，可按编译说明在本地生成。部分图的重建脚本依赖本机忽略的原始截图和 Rho 项目数据，不能仅凭本仓库重新生成；已有图像可直接用于编译。
| 项目 | 拥有的内容 |
|---|---|
| Rho | 应用的选择、组装、窗口、布局与共享交互 |
| Rho-core | 受管执行、请求身份与保留事实 |
| Rho-plugins | 功能组件及可选的 CLI、Skills、MCP 与 UI 入口 |
对上述仓库记录的引用使用绝对公开路径，便于在实现推进后仍能追到依据；这些引用不把实现事实转成本项目的结论。
python3 scripts/check_docs.py
检查本地链接、锚点、表格列数与路径包含关系，并在 work/render/ 下生成可直接阅读的 HTML；退出码非零表示存在错误。依赖 markdown 与 beautifulsoup4。外部链接只列出，不联网验证。
见 AGENTS.md。